Index

A

AATS (class in mordred.Autocorrelation) AATSC (class in mordred.Autocorrelation) ABCGGIndex (class in mordred.ABCIndex) ABCIndex (class in mordred.ABCIndex) AcidicGroupCount (class in mordred.AcidBase) AdjacencyMatrix (class in mordred.AdjacencyMatrix) aggr_types (mordred.EState.AtomTypeEState attribute) all_descriptors() (in module mordred) APol (class in mordred.Polarizability) args (mordred.error.Missing3DCoordinate attribute) (mordred.error.MordredException attribute) (mordred.error.MultipleFragments attribute)

AromaticAtomsCount (class in mordred.Aromatic) AromaticBondsCount (class in mordred.Aromatic) as_argument (mordred.ABCIndex.ABCGGIndex attribute) (mordred.ABCIndex.ABCIndex attribute) (mordred.AcidBase.AcidicGroupCount attribute) (mordred.AcidBase.BasicGroupCount attribute) (mordred.AdjacencyMatrix.AdjacencyMatrix attribute) (mordred.Aromatic.AromaticAtomsCount attribute) (mordred.Aromatic.AromaticBondsCount attribute) (mordred.AtomCount.AtomCount attribute) (mordred.Autocorrelation.AATS attribute) (mordred.Autocorrelation.AATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.ATS attribute) (mordred.Autocorrelation.ATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.GATS attribute) (mordred.Autocorrelation.MATS attribute) (mordred.BCUT.BCUT attribute) (mordred.BalabanJ.BalabanJ attribute) (mordred.BaryszMatrix.BaryszMatrix attribute) (mordred.BertzCT.BertzCT attribute) (mordred.BondCount.BondCount attribute) (mordred.CPSA.DPSA attribute) (mordred.CPSA.FNSA attribute) (mordred.CPSA.FPSA attribute) (mordred.CPSA.PNSA attribute) (mordred.CPSA.PPSA attribute) (mordred.CPSA.RASA attribute) (mordred.CPSA.RNCG attribute) (mordred.CPSA.RNCS attribute) (mordred.CPSA.RPCG attribute) (mordred.CPSA.RPCS attribute) (mordred.CPSA.RPSA attribute) (mordred.CPSA.TASA attribute) (mordred.CPSA.TPSA attribute) (mordred.CPSA.WNSA attribute) (mordred.CPSA.WPSA attribute) (mordred.CarbonTypes.CarbonTypes attribute) (mordred.CarbonTypes.HybridizationRatio attribute) (mordred.Chi.Chi attribute) (mordred.Constitutional.ConstitutionalMean attribute) (mordred.Constitutional.ConstitutionalSum attribute) (mordred.Descriptor attribute) (mordred.DetourMatrix.DetourIndex attribute) (mordred.DetourMatrix.DetourMatrix attribute) (mordred.DistanceMatrix.DistanceMatrix attribute) (mordred.EState.AtomTypeEState attribute) (mordred.EccentricConnectivityIndex.EccentricConnectivityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaBranchingIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCompositeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCoreCount attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaAlpha attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaBeta attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaFunctionalityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaShapeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaVEMCount attribute) (mordred.FragmentComplexity.FragmentComplexity attribute) (mordred.Framework.Framework attribute) (mordred.GeometricalIndex.Diameter3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.GeometricalShapeIndex attribute) (mordred.GeometricalIndex.PetitjeanIndex3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.Radius3D attribute) (mordred.GravitationalIndex.GravitationalIndex attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondAcceptor attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondDonor attribute) (mordred.InformationContent.BondingIC attribute) (mordred.InformationContent.ComplementaryIC attribute) (mordred.InformationContent.InformationContent attribute) (mordred.InformationContent.ModifiedIC attribute) (mordred.InformationContent.StructuralIC attribute) (mordred.InformationContent.TotalIC attribute) (mordred.InformationContent.ZModifiedIC attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex1 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex2 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex3 attribute) (mordred.Lipinski.GhoseFilter attribute) (mordred.Lipinski.Lipinski attribute) (mordred.McGowanVolume.McGowanVolume attribute) (mordred.MoRSE.MoRSE attribute) (mordred.MoeType.EState_VSA attribute) (mordred.MoeType.LabuteASA attribute) (mordred.MoeType.PEOE_VSA attribute) (mordred.MoeType.SMR_VSA attribute) (mordred.MoeType.SlogP_VSA attribute) (mordred.MoeType.VSA_EState attribute) (mordred.MolecularDistanceEdge.MolecularDistanceEdge attribute) (mordred.MolecularId.MolecularId attribute) (mordred.MomentOfInertia.MomentOfInertia attribute) (mordred.PathCount.PathCount attribute) (mordred.Polarizability.APol attribute) (mordred.Polarizability.BPol attribute) (mordred.RingCount.RingCount attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsBase attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsCount attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsRatio attribute) (mordred.SLogP.SLogP attribute) (mordred.SLogP.SMR attribute) (mordred.TopoPSA.TopoPSA attribute) (mordred.TopologicalCharge.TopologicalCharge attribute) (mordred.TopologicalIndex.Diameter attribute) (mordred.TopologicalIndex.PetitjeanIndex attribute) (mordred.TopologicalIndex.Radius attribute) (mordred.TopologicalIndex.TopologicalShapeIndex attribute) (mordred.VdwVolumeABC.VdwVolumeABC attribute) (mordred.VertexAdjacencyInformation.VertexAdjacencyInformation attribute) (mordred.WalkCount.WalkCount attribute) (mordred.Weight.Weight attribute) (mordred.WienerIndex.WienerIndex attribute) (mordred.ZagrebIndex.ZagrebIndex attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy1 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy2 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy3 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy4 attribute) (mordred.tests.test_exceptions.RaiseDescriptor attribute) AtomCount (class in mordred.AtomCount) atomic_sa() (mordred.surface_area.SurfaceArea method) AtomTypeEState (class in mordred.EState) ATS (class in mordred.Autocorrelation) ATSC (class in mordred.Autocorrelation) axes (mordred.MomentOfInertia.MomentOfInertia attribute)

B

BalabanJ (class in mordred.BalabanJ) BaryszMatrix (class in mordred.BaryszMatrix) BasicGroupCount (class in mordred.AcidBase) BCUT (class in mordred.BCUT) BertzCT (class in mordred.BertzCT)

beta_types (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaVEMCount attribute) bond_types (mordred.BondCount.BondCount attribute) BondCount (class in mordred.BondCount) BondingIC (class in mordred.InformationContent) BPol (class in mordred.Polarizability)

C

calculate() (mordred.Descriptor method) Calculator (class in mordred) CarbonTypes (class in mordred.CarbonTypes) Chi (class in mordred.Chi) chi_types (mordred.Chi.Chi attribute) command() (in module mordred.tests.test_mordred_main)

compat_atoms (mordred.VdwVolumeABC.VdwVolumeABC attribute) ComplementaryIC (class in mordred.InformationContent) ConstitutionalMean (class in mordred.Constitutional) ConstitutionalSum (class in mordred.Constitutional) coord (mordred.ABCIndex.ABCGGIndex attribute) (mordred.ABCIndex.ABCIndex attribute) (mordred.AcidBase.AcidicGroupCount attribute) (mordred.AcidBase.BasicGroupCount attribute) (mordred.AdjacencyMatrix.AdjacencyMatrix attribute) (mordred.Aromatic.AromaticAtomsCount attribute) (mordred.Aromatic.AromaticBondsCount attribute) (mordred.AtomCount.AtomCount attribute) (mordred.Autocorrelation.AATS attribute) (mordred.Autocorrelation.AATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.ATS attribute) (mordred.Autocorrelation.ATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.GATS attribute) (mordred.Autocorrelation.MATS attribute) (mordred.BCUT.BCUT attribute) (mordred.BalabanJ.BalabanJ attribute) (mordred.BaryszMatrix.BaryszMatrix attribute) (mordred.BertzCT.BertzCT attribute) (mordred.BondCount.BondCount attribute) (mordred.CPSA.DPSA attribute) (mordred.CPSA.FNSA attribute) (mordred.CPSA.FPSA attribute) (mordred.CPSA.PNSA attribute) (mordred.CPSA.PPSA attribute) (mordred.CPSA.RASA attribute) (mordred.CPSA.RNCG attribute) (mordred.CPSA.RNCS attribute) (mordred.CPSA.RPCG attribute) (mordred.CPSA.RPCS attribute) (mordred.CPSA.RPSA attribute) (mordred.CPSA.TASA attribute) (mordred.CPSA.TPSA attribute) (mordred.CPSA.WNSA attribute) (mordred.CPSA.WPSA attribute) (mordred.CarbonTypes.CarbonTypes attribute) (mordred.CarbonTypes.HybridizationRatio attribute) (mordred.Chi.Chi attribute) (mordred.Constitutional.ConstitutionalMean attribute) (mordred.Constitutional.ConstitutionalSum attribute) (mordred.Descriptor attribute) (mordred.DetourMatrix.DetourIndex attribute) (mordred.DetourMatrix.DetourMatrix attribute) (mordred.DistanceMatrix.DistanceMatrix attribute) (mordred.EState.AtomTypeEState attribute) (mordred.EccentricConnectivityIndex.EccentricConnectivityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaBranchingIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCompositeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCoreCount attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaAlpha attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaBeta attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaFunctionalityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaShapeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaVEMCount attribute) (mordred.FragmentComplexity.FragmentComplexity attribute) (mordred.Framework.Framework attribute) (mordred.GeometricalIndex.Diameter3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.GeometricalShapeIndex attribute) (mordred.GeometricalIndex.PetitjeanIndex3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.Radius3D attribute) (mordred.GravitationalIndex.GravitationalIndex attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondAcceptor attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondDonor attribute) (mordred.InformationContent.BondingIC attribute) (mordred.InformationContent.ComplementaryIC attribute) (mordred.InformationContent.InformationContent attribute) (mordred.InformationContent.ModifiedIC attribute) (mordred.InformationContent.StructuralIC attribute) (mordred.InformationContent.TotalIC attribute) (mordred.InformationContent.ZModifiedIC attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex1 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex2 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex3 attribute) (mordred.Lipinski.GhoseFilter attribute) (mordred.Lipinski.Lipinski attribute) (mordred.McGowanVolume.McGowanVolume attribute) (mordred.MoRSE.MoRSE attribute) (mordred.MoeType.EState_VSA attribute) (mordred.MoeType.LabuteASA attribute) (mordred.MoeType.PEOE_VSA attribute) (mordred.MoeType.SMR_VSA attribute) (mordred.MoeType.SlogP_VSA attribute) (mordred.MoeType.VSA_EState attribute) (mordred.MolecularDistanceEdge.MolecularDistanceEdge attribute) (mordred.MolecularId.MolecularId attribute) (mordred.MomentOfInertia.MomentOfInertia attribute) (mordred.PathCount.PathCount attribute) (mordred.Polarizability.APol attribute) (mordred.Polarizability.BPol attribute) (mordred.RingCount.RingCount attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsBase attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsCount attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsRatio attribute) (mordred.SLogP.SLogP attribute) (mordred.SLogP.SMR attribute) (mordred.TopoPSA.TopoPSA attribute) (mordred.TopologicalCharge.TopologicalCharge attribute) (mordred.TopologicalIndex.Diameter attribute) (mordred.TopologicalIndex.PetitjeanIndex attribute) (mordred.TopologicalIndex.Radius attribute) (mordred.TopologicalIndex.TopologicalShapeIndex attribute) (mordred.VdwVolumeABC.VdwVolumeABC attribute) (mordred.VertexAdjacencyInformation.VertexAdjacencyInformation attribute) (mordred.WalkCount.WalkCount attribute) (mordred.Weight.Weight attribute) (mordred.WienerIndex.WienerIndex attribute) (mordred.ZagrebIndex.ZagrebIndex attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy1 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy2 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy3 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy4 attribute) (mordred.tests.test_exceptions.RaiseDescriptor attribute)

D

delta_epsilon_types (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaEpsilon attribute) delta_psi_types (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaPsi attribute) delta_types (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaAlpha attribute) dependencies() (mordred.Descriptor method) Descriptor (class in mordred) descriptors (mordred.Calculator attribute) DetourIndex (class in mordred.DetourMatrix) DetourMatrix (class in mordred.DetourMatrix)

Diameter (class in mordred.TopologicalIndex) Diameter3D (class in mordred.GeometricalIndex) DistanceMatrix (class in mordred.DistanceMatrix) DPSA (class in mordred.CPSA) Dummy1 (class in mordred.tests.Dummy) Dummy2 (class in mordred.tests.Dummy) Dummy3 (class in mordred.tests.Dummy) Dummy4 (class in mordred.tests.Dummy)

E

EccentricConnectivityIndex (class in mordred.EccentricConnectivityIndex) echo() (mordred.Calculator method) epsilon_types (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaEpsilon attribute) Error (class in mordred.error) error (mordred.error.Error attribute) (mordred.error.Missing attribute) (mordred.error.MissingValueBase attribute) es_types (mordred.EState.AtomTypeEState attribute) EState_VSA (class in mordred.MoeType) EtaBranchingIndex (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaCompositeIndex (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaCoreCount (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom)

EtaDeltaAlpha (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaDeltaBeta (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaDeltaEpsilon (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaDeltaPsi (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaEpsilon (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaFunctionalityIndex (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaPsi (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaShapeIndex (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) EtaVEMCount (class in mordred.ExtendedTopochemicalAtom) explicit_hydrogens (mordred.ABCIndex.ABCGGIndex attribute) (mordred.ABCIndex.ABCIndex attribute) (mordred.AcidBase.AcidicGroupCount attribute) (mordred.AcidBase.BasicGroupCount attribute) (mordred.AdjacencyMatrix.AdjacencyMatrix attribute) (mordred.Aromatic.AromaticAtomsCount attribute) (mordred.Aromatic.AromaticBondsCount attribute) (mordred.AtomCount.AtomCount attribute) (mordred.Autocorrelation.AATS attribute) (mordred.Autocorrelation.AATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.ATS attribute) (mordred.Autocorrelation.ATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.GATS attribute) (mordred.Autocorrelation.MATS attribute) (mordred.BCUT.BCUT attribute) (mordred.BalabanJ.BalabanJ attribute) (mordred.BaryszMatrix.BaryszMatrix attribute) (mordred.BertzCT.BertzCT attribute) (mordred.BondCount.BondCount attribute) (mordred.CPSA.DPSA attribute) (mordred.CPSA.FNSA attribute) (mordred.CPSA.FPSA attribute) (mordred.CPSA.PNSA attribute) (mordred.CPSA.PPSA attribute) (mordred.CPSA.RASA attribute) (mordred.CPSA.RNCG attribute) (mordred.CPSA.RNCS attribute) (mordred.CPSA.RPCG attribute) (mordred.CPSA.RPCS attribute) (mordred.CPSA.RPSA attribute) (mordred.CPSA.TASA attribute) (mordred.CPSA.TPSA attribute) (mordred.CPSA.WNSA attribute) (mordred.CPSA.WPSA attribute) (mordred.CarbonTypes.CarbonTypes attribute) (mordred.CarbonTypes.HybridizationRatio attribute) (mordred.Chi.Chi attribute) (mordred.Constitutional.ConstitutionalMean attribute) (mordred.Constitutional.ConstitutionalSum attribute) (mordred.Descriptor attribute) (mordred.DetourMatrix.DetourIndex attribute) (mordred.DetourMatrix.DetourMatrix attribute) (mordred.DistanceMatrix.DistanceMatrix attribute) (mordred.EState.AtomTypeEState attribute) (mordred.EccentricConnectivityIndex.EccentricConnectivityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaBranchingIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCompositeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCoreCount attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaAlpha attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaBeta attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaFunctionalityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaShapeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaVEMCount attribute) (mordred.FragmentComplexity.FragmentComplexity attribute) (mordred.Framework.Framework attribute) (mordred.GeometricalIndex.Diameter3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.GeometricalShapeIndex attribute) (mordred.GeometricalIndex.PetitjeanIndex3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.Radius3D attribute) (mordred.GravitationalIndex.GravitationalIndex attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondAcceptor attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondDonor attribute) (mordred.InformationContent.BondingIC attribute) (mordred.InformationContent.ComplementaryIC attribute) (mordred.InformationContent.InformationContent attribute) (mordred.InformationContent.ModifiedIC attribute) (mordred.InformationContent.StructuralIC attribute) (mordred.InformationContent.TotalIC attribute) (mordred.InformationContent.ZModifiedIC attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex1 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex2 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex3 attribute) (mordred.Lipinski.GhoseFilter attribute) (mordred.Lipinski.Lipinski attribute) (mordred.McGowanVolume.McGowanVolume attribute) (mordred.MoRSE.MoRSE attribute) (mordred.MoeType.EState_VSA attribute) (mordred.MoeType.LabuteASA attribute) (mordred.MoeType.PEOE_VSA attribute) (mordred.MoeType.SMR_VSA attribute) (mordred.MoeType.SlogP_VSA attribute) (mordred.MoeType.VSA_EState attribute) (mordred.MolecularDistanceEdge.MolecularDistanceEdge attribute) (mordred.MolecularId.MolecularId attribute) (mordred.MomentOfInertia.MomentOfInertia attribute) (mordred.PathCount.PathCount attribute) (mordred.Polarizability.APol attribute) (mordred.Polarizability.BPol attribute) (mordred.RingCount.RingCount attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsBase attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsCount attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsRatio attribute) (mordred.SLogP.SLogP attribute) (mordred.SLogP.SMR attribute) (mordred.TopoPSA.TopoPSA attribute) (mordred.TopologicalCharge.TopologicalCharge attribute) (mordred.TopologicalIndex.Diameter attribute) (mordred.TopologicalIndex.PetitjeanIndex attribute) (mordred.TopologicalIndex.Radius attribute) (mordred.TopologicalIndex.TopologicalShapeIndex attribute) (mordred.VdwVolumeABC.VdwVolumeABC attribute) (mordred.VertexAdjacencyInformation.VertexAdjacencyInformation attribute) (mordred.WalkCount.WalkCount attribute) (mordred.Weight.Weight attribute) (mordred.WienerIndex.WienerIndex attribute) (mordred.ZagrebIndex.ZagrebIndex attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy1 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy2 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy3 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy4 attribute) (mordred.tests.test_exceptions.RaiseDescriptor attribute)

F

fail() (mordred.ABCIndex.ABCGGIndex method) (mordred.ABCIndex.ABCIndex method) (mordred.AcidBase.AcidicGroupCount method) (mordred.AcidBase.BasicGroupCount method) (mordred.AdjacencyMatrix.AdjacencyMatrix method) (mordred.Aromatic.AromaticAtomsCount method) (mordred.Aromatic.AromaticBondsCount method) (mordred.AtomCount.AtomCount method) (mordred.Autocorrelation.AATS method) (mordred.Autocorrelation.AATSC method) (mordred.Autocorrelation.ATS method) (mordred.Autocorrelation.ATSC method) (mordred.Autocorrelation.GATS method) (mordred.Autocorrelation.MATS method) (mordred.BCUT.BCUT method) (mordred.BalabanJ.BalabanJ method) (mordred.BaryszMatrix.BaryszMatrix method) (mordred.BertzCT.BertzCT method) (mordred.BondCount.BondCount method) (mordred.CPSA.DPSA method) (mordred.CPSA.FNSA method) (mordred.CPSA.FPSA method) (mordred.CPSA.PNSA method) (mordred.CPSA.PPSA method) (mordred.CPSA.RASA method) (mordred.CPSA.RNCG method) (mordred.CPSA.RNCS method) (mordred.CPSA.RPCG method) (mordred.CPSA.RPCS method) (mordred.CPSA.RPSA method) (mordred.CPSA.TASA method) (mordred.CPSA.TPSA method) (mordred.CPSA.WNSA method) (mordred.CPSA.WPSA method) (mordred.CarbonTypes.CarbonTypes method) (mordred.CarbonTypes.HybridizationRatio method) (mordred.Chi.Chi method) (mordred.Constitutional.ConstitutionalMean method) (mordred.Constitutional.ConstitutionalSum method) (mordred.Descriptor method) (mordred.DetourMatrix.DetourIndex method) (mordred.DetourMatrix.DetourMatrix method) (mordred.DistanceMatrix.DistanceMatrix method) (mordred.EState.AtomTypeEState method) (mordred.EccentricConnectivityIndex.EccentricConnectivityIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaBranchingIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCompositeIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCoreCount method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaAlpha method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaBeta method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaEpsilon method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaPsi method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaEpsilon method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaFunctionalityIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaPsi method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaShapeIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaVEMCount method) (mordred.FragmentComplexity.FragmentComplexity method) (mordred.Framework.Framework method) (mordred.GeometricalIndex.Diameter3D method) (mordred.GeometricalIndex.GeometricalShapeIndex method) (mordred.GeometricalIndex.PetitjeanIndex3D method) (mordred.GeometricalIndex.Radius3D method) (mordred.GravitationalIndex.GravitationalIndex method) (mordred.HydrogenBond.HBondAcceptor method) (mordred.HydrogenBond.HBondDonor method) (mordred.InformationContent.BondingIC method) (mordred.InformationContent.ComplementaryIC method) (mordred.InformationContent.InformationContent method) (mordred.InformationContent.ModifiedIC method) (mordred.InformationContent.StructuralIC method) (mordred.InformationContent.TotalIC method) (mordred.InformationContent.ZModifiedIC method) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex1 method) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex2 method) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex3 method) (mordred.Lipinski.GhoseFilter method) (mordred.Lipinski.Lipinski method) (mordred.McGowanVolume.McGowanVolume method) (mordred.MoRSE.MoRSE method) (mordred.MoeType.EState_VSA method) (mordred.MoeType.LabuteASA method) (mordred.MoeType.PEOE_VSA method) (mordred.MoeType.SMR_VSA method) (mordred.MoeType.SlogP_VSA method) (mordred.MoeType.VSA_EState method) (mordred.MolecularDistanceEdge.MolecularDistanceEdge method) (mordred.MolecularId.MolecularId method) (mordred.MomentOfInertia.MomentOfInertia method) (mordred.PathCount.PathCount method) (mordred.Polarizability.APol method) (mordred.Polarizability.BPol method) (mordred.RingCount.RingCount method) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsBase method) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsCount method) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsRatio method) (mordred.SLogP.SLogP method) (mordred.SLogP.SMR method) (mordred.TopoPSA.TopoPSA method) (mordred.TopologicalCharge.TopologicalCharge method) (mordred.TopologicalIndex.Diameter method) (mordred.TopologicalIndex.PetitjeanIndex method) (mordred.TopologicalIndex.Radius method) (mordred.TopologicalIndex.TopologicalShapeIndex method) (mordred.VdwVolumeABC.VdwVolumeABC method) (mordred.VertexAdjacencyInformation.VertexAdjacencyInformation method) (mordred.WalkCount.WalkCount method) (mordred.Weight.Weight method) (mordred.WienerIndex.WienerIndex method) (mordred.ZagrebIndex.ZagrebIndex method) (mordred.tests.Dummy.Dummy1 method) (mordred.tests.Dummy.Dummy2 method) (mordred.tests.Dummy.Dummy3 method) (mordred.tests.Dummy.Dummy4 method) (mordred.tests.test_exceptions.RaiseDescriptor method) FNSA (class in mordred.CPSA) FPSA (class in mordred.CPSA) FragmentComplexity (class in mordred.FragmentComplexity)

Framework (class in mordred.Framework) from_mol() (mordred.surface_area.SurfaceArea class method) from_pdb() (mordred.surface_area.SurfaceArea class method)

G

GATS (class in mordred.Autocorrelation) GeometricalShapeIndex (class in mordred.GeometricalIndex) get_descriptors_from_module() (in module mordred)

GhoseFilter (class in mordred.Lipinski) GravitationalIndex (class in mordred.GravitationalIndex)

H

HBondAcceptor (class in mordred.HydrogenBond) HBondDonor (class in mordred.HydrogenBond)

header (mordred.error.Error attribute) (mordred.error.Missing attribute) (mordred.error.MissingValueBase attribute) HybridizationRatio (class in mordred.CarbonTypes)

I

in_() (in module mordred.tests.test_mordred_main) InformationContent (class in mordred.InformationContent)

is_descriptor_class() (mordred.Descriptor class method) isolate() (in module mordred.tests.test_mordred_main)

K

k_max (mordred.MoeType.EState_VSA attribute) (mordred.MoeType.PEOE_VSA attribute) (mordred.MoeType.SMR_VSA attribute) (mordred.MoeType.SlogP_VSA attribute) (mordred.MoeType.VSA_EState attribute) KappaShapeIndex1 (class in mordred.KappaShapeIndex) KappaShapeIndex2 (class in mordred.KappaShapeIndex)

KappaShapeIndex3 (class in mordred.KappaShapeIndex) kekulize (mordred.ABCIndex.ABCGGIndex attribute) (mordred.ABCIndex.ABCIndex attribute) (mordred.AcidBase.AcidicGroupCount attribute) (mordred.AcidBase.BasicGroupCount attribute) (mordred.AdjacencyMatrix.AdjacencyMatrix attribute) (mordred.Aromatic.AromaticAtomsCount attribute) (mordred.Aromatic.AromaticBondsCount attribute) (mordred.AtomCount.AtomCount attribute) (mordred.Autocorrelation.AATS attribute) (mordred.Autocorrelation.AATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.ATS attribute) (mordred.Autocorrelation.ATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.GATS attribute) (mordred.Autocorrelation.MATS attribute) (mordred.BCUT.BCUT attribute) (mordred.BalabanJ.BalabanJ attribute) (mordred.BaryszMatrix.BaryszMatrix attribute) (mordred.BertzCT.BertzCT attribute) (mordred.BondCount.BondCount attribute) (mordred.CPSA.DPSA attribute) (mordred.CPSA.FNSA attribute) (mordred.CPSA.FPSA attribute) (mordred.CPSA.PNSA attribute) (mordred.CPSA.PPSA attribute) (mordred.CPSA.RASA attribute) (mordred.CPSA.RNCG attribute) (mordred.CPSA.RNCS attribute) (mordred.CPSA.RPCG attribute) (mordred.CPSA.RPCS attribute) (mordred.CPSA.RPSA attribute) (mordred.CPSA.TASA attribute) (mordred.CPSA.TPSA attribute) (mordred.CPSA.WNSA attribute) (mordred.CPSA.WPSA attribute) (mordred.CarbonTypes.CarbonTypes attribute) (mordred.CarbonTypes.HybridizationRatio attribute) (mordred.Chi.Chi attribute) (mordred.Constitutional.ConstitutionalMean attribute) (mordred.Constitutional.ConstitutionalSum attribute) (mordred.Descriptor attribute) (mordred.DetourMatrix.DetourIndex attribute) (mordred.DetourMatrix.DetourMatrix attribute) (mordred.DistanceMatrix.DistanceMatrix attribute) (mordred.EState.AtomTypeEState attribute) (mordred.EccentricConnectivityIndex.EccentricConnectivityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaBranchingIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCompositeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCoreCount attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaAlpha attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaBeta attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaFunctionalityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaShapeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaVEMCount attribute) (mordred.FragmentComplexity.FragmentComplexity attribute) (mordred.Framework.Framework attribute) (mordred.GeometricalIndex.Diameter3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.GeometricalShapeIndex attribute) (mordred.GeometricalIndex.PetitjeanIndex3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.Radius3D attribute) (mordred.GravitationalIndex.GravitationalIndex attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondAcceptor attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondDonor attribute) (mordred.InformationContent.BondingIC attribute) (mordred.InformationContent.ComplementaryIC attribute) (mordred.InformationContent.InformationContent attribute) (mordred.InformationContent.ModifiedIC attribute) (mordred.InformationContent.StructuralIC attribute) (mordred.InformationContent.TotalIC attribute) (mordred.InformationContent.ZModifiedIC attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex1 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex2 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex3 attribute) (mordred.Lipinski.GhoseFilter attribute) (mordred.Lipinski.Lipinski attribute) (mordred.McGowanVolume.McGowanVolume attribute) (mordred.MoRSE.MoRSE attribute) (mordred.MoeType.EState_VSA attribute) (mordred.MoeType.LabuteASA attribute) (mordred.MoeType.PEOE_VSA attribute) (mordred.MoeType.SMR_VSA attribute) (mordred.MoeType.SlogP_VSA attribute) (mordred.MoeType.VSA_EState attribute) 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L

LabuteASA (class in mordred.MoeType)

Lipinski (class in mordred.Lipinski)

M

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N

number_of_field() (in module mordred.tests.test_mordred_main)

P

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PetitjeanIndex (class in mordred.TopologicalIndex) PetitjeanIndex3D (class in mordred.GeometricalIndex) PNSA (class in mordred.CPSA) PPSA (class in mordred.CPSA) preset() (mordred.Descriptor class method)

R

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method) (mordred.Constitutional.ConstitutionalMean method) (mordred.Constitutional.ConstitutionalSum method) (mordred.Descriptor method) (mordred.DetourMatrix.DetourIndex method) (mordred.DetourMatrix.DetourMatrix method) (mordred.DistanceMatrix.DistanceMatrix method) (mordred.EState.AtomTypeEState method) (mordred.EccentricConnectivityIndex.EccentricConnectivityIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaBranchingIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCompositeIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCoreCount method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaAlpha method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaBeta method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaEpsilon method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaPsi method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaEpsilon method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaFunctionalityIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaPsi method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaShapeIndex method) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaVEMCount method) (mordred.FragmentComplexity.FragmentComplexity method) (mordred.Framework.Framework method) (mordred.GeometricalIndex.Diameter3D method) (mordred.GeometricalIndex.GeometricalShapeIndex method) (mordred.GeometricalIndex.PetitjeanIndex3D method) (mordred.GeometricalIndex.Radius3D method) (mordred.GravitationalIndex.GravitationalIndex method) (mordred.HydrogenBond.HBondAcceptor method) (mordred.HydrogenBond.HBondDonor method) (mordred.InformationContent.BondingIC method) (mordred.InformationContent.ComplementaryIC method) (mordred.InformationContent.InformationContent method) (mordred.InformationContent.ModifiedIC method) (mordred.InformationContent.StructuralIC method) (mordred.InformationContent.TotalIC method) (mordred.InformationContent.ZModifiedIC method) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex1 method) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex2 method) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex3 method) 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RingCount (class in mordred.RingCount) RNCG (class in mordred.CPSA) RNCS (class in mordred.CPSA) RotatableBondsBase (class in mordred.RotatableBond) RotatableBondsCount (class in mordred.RotatableBond) RotatableBondsRatio (class in mordred.RotatableBond) RPCG (class in mordred.CPSA) RPCS (class in mordred.CPSA) RPSA (class in mordred.CPSA) rtype (mordred.ABCIndex.ABCGGIndex attribute) (mordred.ABCIndex.ABCIndex attribute) (mordred.AcidBase.AcidicGroupCount attribute) (mordred.AcidBase.BasicGroupCount attribute) (mordred.AdjacencyMatrix.AdjacencyMatrix attribute) (mordred.Aromatic.AromaticAtomsCount attribute) (mordred.Aromatic.AromaticBondsCount attribute) (mordred.AtomCount.AtomCount attribute) (mordred.Autocorrelation.AATS attribute) (mordred.Autocorrelation.AATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.ATS attribute) (mordred.Autocorrelation.ATSC attribute) (mordred.Autocorrelation.GATS attribute) (mordred.Autocorrelation.MATS attribute) (mordred.BCUT.BCUT attribute) 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attribute) (mordred.EState.AtomTypeEState attribute) (mordred.EccentricConnectivityIndex.EccentricConnectivityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaBranchingIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCompositeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaCoreCount attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaAlpha attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaBeta attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaDeltaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaEpsilon attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaFunctionalityIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaPsi attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaShapeIndex attribute) (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaVEMCount attribute) (mordred.FragmentComplexity.FragmentComplexity attribute) (mordred.Framework.Framework attribute) (mordred.GeometricalIndex.Diameter3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.GeometricalShapeIndex attribute) (mordred.GeometricalIndex.PetitjeanIndex3D attribute) (mordred.GeometricalIndex.Radius3D attribute) (mordred.GravitationalIndex.GravitationalIndex attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondAcceptor attribute) (mordred.HydrogenBond.HBondDonor attribute) (mordred.InformationContent.BondingIC attribute) (mordred.InformationContent.ComplementaryIC attribute) (mordred.InformationContent.InformationContent attribute) (mordred.InformationContent.ModifiedIC attribute) (mordred.InformationContent.StructuralIC attribute) (mordred.InformationContent.TotalIC attribute) (mordred.InformationContent.ZModifiedIC attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex1 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex2 attribute) (mordred.KappaShapeIndex.KappaShapeIndex3 attribute) (mordred.Lipinski.GhoseFilter attribute) (mordred.Lipinski.Lipinski attribute) (mordred.McGowanVolume.McGowanVolume attribute) (mordred.MoRSE.MoRSE attribute) (mordred.MoeType.EState_VSA attribute) (mordred.MoeType.LabuteASA attribute) (mordred.MoeType.PEOE_VSA attribute) (mordred.MoeType.SMR_VSA attribute) (mordred.MoeType.SlogP_VSA attribute) (mordred.MoeType.VSA_EState attribute) (mordred.MolecularDistanceEdge.MolecularDistanceEdge attribute) (mordred.MolecularId.MolecularId attribute) (mordred.MomentOfInertia.MomentOfInertia attribute) (mordred.PathCount.PathCount attribute) (mordred.Polarizability.APol attribute) (mordred.Polarizability.BPol attribute) (mordred.RingCount.RingCount attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsBase attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsCount attribute) (mordred.RotatableBond.RotatableBondsRatio attribute) (mordred.SLogP.SLogP attribute) (mordred.SLogP.SMR attribute) (mordred.TopoPSA.TopoPSA attribute) (mordred.TopologicalCharge.TopologicalCharge attribute) (mordred.TopologicalIndex.Diameter attribute) (mordred.TopologicalIndex.PetitjeanIndex attribute) (mordred.TopologicalIndex.Radius attribute) (mordred.TopologicalIndex.TopologicalShapeIndex attribute) (mordred.VdwVolumeABC.VdwVolumeABC attribute) (mordred.VertexAdjacencyInformation.VertexAdjacencyInformation attribute) (mordred.WalkCount.WalkCount attribute) (mordred.Weight.Weight attribute) (mordred.WienerIndex.WienerIndex attribute) (mordred.ZagrebIndex.ZagrebIndex attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy1 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy2 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy3 attribute) (mordred.tests.Dummy.Dummy4 attribute) (mordred.tests.test_exceptions.RaiseDescriptor attribute)

S

shape_types (mordred.ExtendedTopochemicalAtom.EtaShapeIndex attribute) SLogP (class in mordred.SLogP) SlogP_VSA (class in mordred.MoeType) SMARTS (mordred.AcidBase.AcidicGroupCount attribute) (mordred.AcidBase.BasicGroupCount attribute) SMR (class in mordred.SLogP)

SMR_VSA (class in mordred.MoeType) stack (mordred.error.Error attribute) (mordred.error.Missing attribute) (mordred.error.MissingValueBase attribute) StructuralIC (class in mordred.InformationContent) surface_area() (mordred.surface_area.SurfaceArea method) SurfaceArea (class in mordred.surface_area)

T

TASA (class in mordred.CPSA) tc_types (mordred.TopologicalCharge.TopologicalCharge attribute) test_ABC() (in module mordred.tests.test_ABCIndex) test_by_references() (in module mordred.tests.test_by_references) test_Calculator_descriptors() (in module mordred.tests.test_base) test_catch_non_critical_error() (in module mordred.tests.test_exceptions) test_ETA() (in module mordred.tests.test_ETA) test_help() (in module mordred.tests.test_mordred_main) test_IntrinsicState() (in module mordred.tests.test_atomic_property) test_missing_file() (in module mordred.tests.test_mordred_main) test_no_args() (in module mordred.tests.test_mordred_main) test_parallel() (in module mordred.tests.test_parallel) test_SASA() (in module mordred.tests.test_SASA) test_sdf() (in module mordred.tests.test_mordred_main) test_sdf_3D() (in module mordred.tests.test_mordred_main)

test_sigma() (in module mordred.tests.test_atomic_property) test_smi() (in module mordred.tests.test_mordred_main) test_smi_without_name() (in module mordred.tests.test_mordred_main) test_valence_sigma() (in module mordred.tests.test_atomic_property) test_VEA() (in module mordred.tests.test_VEA) test_verbose() (in module mordred.tests.test_mordred_main) test_version() (in module mordred.tests.test_mordred_main) test_WildmanCrippen1() (in module mordred.tests.test_SLogP) test_WildmanCrippen2() (in module mordred.tests.test_SLogP) TopologicalCharge (class in mordred.TopologicalCharge) TopologicalShapeIndex (class in mordred.TopologicalIndex) TopoPSA (class in mordred.TopoPSA) TotalIC (class in mordred.InformationContent) TPSA (class in mordred.CPSA)

V

VdwVolumeABC (class in mordred.VdwVolumeABC) versions (mordred.CPSA.DPSA attribute) (mordred.CPSA.FNSA attribute) (mordred.CPSA.FPSA attribute) (mordred.CPSA.PNSA attribute) (mordred.CPSA.PPSA attribute) (mordred.CPSA.WNSA attribute) (mordred.CPSA.WPSA attribute)

VertexAdjacencyInformation (class in mordred.VertexAdjacencyInformation) VSA_EState (class in mordred.MoeType)

W

WalkCount (class in mordred.WalkCount) Weight (class in mordred.Weight) WienerIndex (class in mordred.WienerIndex)

with_traceback() (mordred.error.Missing3DCoordinate method) (mordred.error.MordredException method) (mordred.error.MultipleFragments method) WNSA (class in mordred.CPSA) WPSA (class in mordred.CPSA)

Z

ZagrebIndex (class in mordred.ZagrebIndex)

ZModifiedIC (class in mordred.InformationContent)